Troya’nın düşeydeki katmanlı yapısı tarihsel derinliğini verir. Troya’da üst üste ilerleyen katmanlarının sonuncusu olarak düşünülen müze Troya’nın geçmişinden kalan eserler ile günümüz arasında tarih ara kesitinde bir platform olarak yer almaktadır. Platform ziyaretçilerine geçmişte sahnelenen olayları izleme olanağı vermekte ve aynı zamanda günümüzde sahnenin kendisi olmaktadır.Yapının gerek ören yeri gerekse çevre ile kuracağı ilişkide; anıtsallık, basitlik, görünmezlik, saygılı olma ana prensiplerdir. Ören yeri ile beşik koyu arasındaki olaylar “sahneleyen” platformun yönelmesine sebep oluşturmaktadır. Bölgenin bilimsel ve mitolojik değerinin daha iyi sunulması ancak daha iyi anlatılmasıyla gerçekleşecektir. Müze, bu değerleri kavrayıp algılamak ve anlayabilmek için oluşturulmuş, sayesinde Troya’nın anlaşıldığı, bir “sahne platformu” dur.Düzlem Karamenderes ovasına yönlenir, akaların geliş yönüne doğru konumlanarak izleyicileri üzerinde toplar. Terasındaki yüksek parapet camlarında Troya’nın hikayesi anlatılır. Bölge ve ören yeri gezileri bu platform üzerinden başlar, ön bilgilendirme bu platform üzerinde verilir. Müze girişi, ziyaretçileri toprak altına indirir. Perdelerindeki yırtıklar, Troya’daki medeniyetlerin kayboluş veya belirmelerini sembolize eder ve perde mekanlar içinde dolaşmalarını sağlar, bunun ardından hem eskiden Troya’nın gelişmesini ve oluşmasını sağlayan hem de yapılan akınların sebebi olan suyun yanından zeytinliklerin içine çıkararak beşik koyuna, akaların geliş istikametine yönlendirir, fakat bu sefer sebep farklıdır.